第八章分子标记及其应用

分子标记的种类与特点

1. 遗传标记的种类与特点

遗传标记：指可以稳定遗传的、易于识别的特殊遗传多态性形式。

Minisatellites：小卫星序列

遗传标记的种类与特点

1）形态标记：肉眼可见的特征性状，简单实用，但数目少，受发育阶段与环境影响。

2）细胞标记：染色体核型与带型，受环境影响小，稳定可靠，但耗时耗力，信息量不足。

3）生化标记：贮藏蛋白、同工酶等，信息量较大，取材方便，但不能反映基因组非编码区信息，仍受发育阶段与环境影响。

4）DNA分子标记：基因组DNA 水平的变异，理想的遗传标记。

2.DNA分子标记

DNA分子标记：简称分子标记，指基因组DNA 水平上的任何差异，来自缺失、插入、置换、颠换、重复等，通常以分子杂交或凝胶电泳图谱的形式体现。

2.1分子标记的优点

1）数量多，遍及整个基因组，理论上检测位点近乎无限；

2）稳定遗传，不受环境、发育阶段和是否表达等限制;

3）多态性高，自然存在，无须专门创造；

4）表现为“中性”，即不影响性状的表达；

5）许多为共显性，能鉴别杂合与纯合，提供完整的遗传信息。

2.2分子标记的类型

分三大类:

基于核酸分子杂交: 第一代，1980s, RFLP（Restriction fragment length polymorphism ），限制性片段长度多态性

基于PCR或限制酶切+PCR: 第二代，1990s ,RAPD、AFLP、SSR、ISSR、 SCAR、STS等基于DNA测序: 第三代，近年来SNP和EST,反转录转座子等

第三节分子标记的应用

1.RFLP标记

RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism)：限制性片段长度多态性，1980，Botstein。基本原理：不同基因组DNA经特定限制酶消化后产生大小不等的片段，再经电泳分离、Southern 印迹杂交和检测后，得到特异的RFLP 标记，它反映不同DNA对所用探针限制性酶切片段长度的多态性，实际是酶切位点的变化和分布情况。

关键因素：

限制酶：用一种酶切产生的多态性有限，常用6~8种酶来筛选多态性。

探针：常用单拷贝或低拷贝 gDNA或cDNA克隆，否则条带模糊（smear），不易观察。 RFLP标记的优缺点

优点：

1）共显性；

2）存在于整个基因组，位点数不受限制，常可检测到1~4个基因座；

缺点：

1）筛选多态性探针较困难，需一系列探针；

2）DNA样本量要求大，操作较繁杂，耗时费资，同位素污染，现已发展地高辛等标记。

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